قصة الفيلم يتتبع هذا الموسم خطين زمنيين. الأول يدور في الجزيرة، حيث يبدأ الناجون الباقون في الانتقال عشوائيًا إلى الماضي والمستقبل، وذلك إثر تحريك (بن) للجزيرة في الزمان والمكان، والخط الزمني الثاني يدور خارج الجزيرة عقب موت (لوك)، ويتناول محاولات (جاك) و(بن) للاجتماع مرة أخرى بالركاب الستة والعودة للجزيرة.