قصة الفيلم بعد ثلاثة عشر عامًا، يعود فوكس مالدر رفقة دانا سكولي، من أجل مباشرة عملهما بالتحقيق في أغرب الظواهر والقضايا الخارقة، حيث يسعى الثنائي لكشف حقيقة وجود مخلوق غامض على الأرض.