قصة الفيلم اثنان من عملاء مكتب التحقيقات الفيدرالي، (فوكس مولدر) المؤمن، و(داني سكالي) المُشككة، يحققان فيما يتعرضون له من حالات غريبة غير مبررة، وغير خاضعة للتفسيرات المنطقية، بينما تعمل قوى خفية على عرقلة جهودهم وإعاقتهم عما يحاولان بلوغه.