قصة الفيلم قصة أنمي ناروتو شيبودن تبدأ بعد أن عاد لنا ناروتو بعد سنتين من التدريب، يحكي عن محاولة إعادة ساسكي إلى القرية لتنتقل الأحداث إلى مواجهة الأكاتسوكي وبداية حرب النينجا الرابعة.