قصة الفيلم يتورط صندوق النقد الدولي في تفجيرات بـ(الكرملين)، فيتوجه (إيثان هانت) وفريقه في محاولة منهم لإنقاذ الموقف، وملاحقة الإرهابي (هندريكس)، خاصة بعد تمكنه من الوصول إلى الشفرات السرية للأسلحة النووية الروسية، مما يدفع رئيس أمريكا ﻹطلاق برنامج (بروتوكول الشبح)، ويقضي البرنامج بتحمل (إيثان) وفريقه المسئولية عن التفجير مع السماح لهم بالهروب بهدف القبض عن المسئول الحقيقي.