قصة الفيلم عقب 15 عامًا من التصادم الثاني، ينضمّ "شينجي إيكاري" لمجموعة "نيرف" تحت قيادة والده كأحد قادة الآليين المراهقين لمقاتلة الملائكة المتوحّشة.